木托盘发霉是和它的材料结构，所含的有机物，空气中的湿度，温度，氧气，物流运输的过程中受潮等影响都会造成木托盘发霉。
木托盘是以原木为材料，木材是霉菌附着的温床，木材它含有丰富的营养源提供给霉菌，富含淀粉，蛋白质，木纤维，油类的物质，这些都是霉菌喜欢的食物。木材本身具有一定量的水份，而且是亲水性的材料，比较容易吸收空气中的水气，增加自身的含水量，极容易长霉。
不同的霉菌在木材的表面形成不同颜色的霉斑，如黑、绿、黄红、蓝绿等。霉菌喜好潮湿的环境，因此没有经过干燥的原木端头、板方材、木托盘很容易发霉，尤其是阔叶材的边材部分。木材的发霉通常只限于表层或靠近表面很浅的层，只有在适宜的条件下菌丝才会向内部侵入。
变色真菌、霉菌、腐烂真菌这些都很容易滋生，而且繁殖速度特别快，数量成几何倍数增长，直接导致好好的产品在几天时间内即发霉或变色。一旦出现了这种问题，会反反复复的出现，很顽固。
当木材含水率高于20%时，变色真菌等微生物才能繁殖、生长。因此采伐后的木材若能立即干燥到含水率为20%以下，而且在加工和使用中始终将含水率保持在20%以下就能有效降低发霉风险，木材在干燥的情况较少发霉，湿度大时容易发霉。
夏季温度高，霉菌繁殖速度快，所以冬天发霉情况少。木材微生物在一定的温度范围内才能生长，其真菌生长最适宜的温度为20～30C，如采用两种高低温极端法，将木材存放于低于-15C以下、或高于40C以上，其真菌生长的速度都会明显放慢。因涉及成本增高太大的因素，这一点也不可取。
大多数真菌必须在有氧气的状况下才能生长。但它们所需的氧气量很少，当空气中的氧气含量达到1%时，真菌就能生长，因此，用隔氧的办法来控制发霉是更不现实的。
物流运输过程中受到环境因素的影响，天气多雨，湿度大，当地的温度高，在这些湿热的环境下给霉菌的生长提供了有利的条件，气候我们是管控不了的，我们可以在物料上控制好，抑制霉菌的生长，用了防霉剂的产品即使在潮湿，高温环境下也不会长霉。
